כניסת מפעיל התחבורה הציבורית החדש לעיר, לוותה באתגרים לתושבים בעקבות שינויי הקווים והמסלולים שנוצר בעקבות מכרז התחבורה ציבורית. תושבים רבים הביעו את מורת רוחם מהיעדר תחנות במיקומים קריטיים.
החל מיום ראשון הקרוב בתאריך 08/08/21 יבוצעו שינויים בקווים 4, 10, 11, 15, 17, ו-18. במסגרת השינויים יתווספו 5 תחנות עצירה לקו 17 בתחנות נהר הירדן/רבי לויטס (תחנה 577), נהר הירדן/רבן יוחנן בן זכאי (תחנה 606), נהר הירדן/רבי יהודה הנשיא (תחנה 608), נהר הירדן האדמו"ר מבעלזא (תחנה 620) ונהר הירדן/רבי פנחס בן יאיר (תחנה 611).
בנוסף, תחנה מספר 3582 ברחוב לוי אשכול/חזון איש המשרתת את קווי 4א, 11א, 17 ו-18 תבוטל, כיוון שתחנה זו אינה קיימת בשטח. ובמקביל בקו 15 יבוצע שיוך של תחנה מספר 634 בשדרות נהר הירדן/ישעיהו הנביא. עוד שיפור משמעותי, בימי שישי ומוצ"ש כל הנסיעות של קו 4 יופעלו בקו 4א.
מטעם חברת בית שמש אקספרס נמסר כי שיפורים אלה המבוצעים בעקבות פניות של תושבים ודרישת חברת "בית שמש אקספרס", הינם תחילתה של חלק מתהליך מתמשך המבטיח כי כבר בזמן הקרוב יוכלו כלל תושבי בית שמש ליהנות ממערך תחבורה ציבורית יעיל ואיכותי עם שירות אדיב ומצטיין למשתמשי התח"צ. יצויין כי חברת בית שמש אקספרס קוראת לתושבים להמשיך ולהפנות את התקלות וחוסר הנוחות שנגרמו בעקבות השינויים, זאת על מנת שהחברה תוכל להמשיך לעקוב ולשדרג את השירות יחד עם הממונים על כך במשרד התחבורה.