הראשונים נחלקו לגבי ספירת העומר בזמן הזה, אם היא מדאורייתא, או מדרבנן כזכר למקדש; ויש שכתבו שמסיבה זו שהמצוה היא 'זכר למקדש', ומעורב בה צער על ביטול הקרבנות, אין מברכים עליה 'שהחיינו', שהיא ברכה הבאה לאות שמחה.
השולחן ערוך ופוסקים נוספים פסקו שהספירה מדרבנן, אך כיון שדעת כמה מהראשונים שהיא מדאורייתא, ראוי להקפיד על קיומהּ לאחר צאת־הכוכבים, כנהוג במצוות דאורייתא שזמנן בלילה.
ואף אם המצוה מדרבנן, יתכן שאין להקל ולקיימהּ בין השמשות, שהרי ישנה מחלוקת בנוגע לזמן שבין שקיעת־החמה לצאת־הכוכבים, אם כולו זמן 'ספק יום ספק לילה' המכונה בין השמשות, או שזמן זה הוא בודאי יום, ובין השמשות הוא 'כהרף עין' לאחריו; ואם כן, כדי להקל בזמן זה עלינו להקל בשתי 'קולות': לצדד כדעת האומר שהזמן כולו ספק, ולצדד שהזמן הוא לילה, ושמא אין להקל שתי קולות אף ב'ספקא דרבנן'.
על אף האמור, הסופר בבין־השמשות, לדעת השולחן־ערוך יצא ידי חובתו, ויש הסוברים שעליו לשוב ולספור לאחר צאת־הכוכבים ללא ברכה; ולכל הדעות, הסופר לפני שקיעת־החמה, אף אם התפלל ערבית לאחר פלג־המנחה, עליו לשוב ולספור בלילה.
[מתוך משנ"ב סימן תפט, סעיף א-ב, ס"ק יב ו-טו, שעה"צ ס"ק כ, וביה"ל ד"ה לספור וד"ה וכן; ביאורים ומוספים 'דרשו', 20]